DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
İleri Biyoinformatik CE 615 Bahar 03+00+00 Seçmeli 3 8.0
Akademik Birim: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
Öğrenim Türü: Örgün
Ön Koşullar Temel biyoloji ve istatistik bilgisi. Programlama becerisi. Veri yapıları ve algoritma bilgisi.
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü: Bahar Delibaş
Dersin Amacı: Bu ders öğrenciye biyolojik veriyi biyoenformatik teknikler kullanarak değerlendirme ve analiz yapma becerisini kazandırır. Genetik ve biyolojik veri tabanları tanımları ile buralardan bilgi çıkarıp, analiz etmek için ilgili araçlar görülür. Proteomiğe bir giriş yapılarak protein tanımlama, moleküler modelleme ve protein yapısını belirlemek için kullanılan metodlar gösterilir. Belirlenen bir biyoenformatik konuyla ilgili bilimsel makaleleri arayıp bulma, anlama ve kritik etme yeteneğinin öğrenciye kazandırılması temel amaçlardandır.
Dersin İçeriği: Biyoenformatiğin teorik temellerini anlamak.
Moleküler biyoloji ve biyoteknoloji veri tabanları üzerinde sorgulama yapmak.
Bilgisayar programları kullanarak DNA ve protein dizilerini manipüle etmek.
Homolog bulma, dizileri analiz etme, evrim ağaçlarını yorumlama ve oluşturma.
Protein dizilerini analiz etme, proteinleri tanımlama, ve protein yapılarını veri bankalarından çekme.
Protein yapılarını görüntüleyip yorumlamak.
Yapı saptanmasını, homoloji modellemesini ve hesaba dayalı ilaç tasarımını anlamak.
Biyolojik veri sorgulaması yapıp, sonuçları yorumlayıp modellemek ve bunu biyolojik problemlerin çözümü için kullanmak.
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
  • 1- Biyolojik veri sorgulaması yapabilme becerisi.
  • 2- Biyolojik bilgileri yorumlama ve modelleme becerisi.
  • 3- Biyolojik problemler için geliştirilmiş temel çözüm metodlarını anlama ve uygulama becerisi.
  • 4- Biyoenformatik algoritmaları/metodlarını tasarlayabilme ve gerçekleştirebilme becerisi.
  • 5- Verilen bir problem için geliştirilen en son biyoenformatik metodlar üzerine yazılmış bilimsel yayınları arama ve anlayabilme becerisi.
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Ders anlatımı, bilimsel makale okumaları ve tartışmaları, biyoenformatik aletleri kullanımı ve programlama ile pratik kazanmak, öğrenci sunumları


HAFTALIK PROGRAM

HaftaKonularÖn Hazırlık ÖÇ
1 Giriş 5
2 Birincil ve türetilmiş biyoenformatik veri 1,2
3 Genomlar ve genom analiz metodları 1,2,3
4 UniProt ve sekans analiz metodları 1,2,3
5 Verinin istatistiksel, bilişim teorisine dayalı ve dilbilimsel yönü 2
6 Biyolojik dizi analizi için algoritmaların programlanması 3
7 Ara sınav
8 PDB ve yapısal veri analizi 1,2
9 Gen ontolojisi ve fonskiyonel veri analizi 1,2
10 Farklı kaynaklardan gelen genomik ve proteomik datanın entegrasyonu 1,2,3
11 Yazılım geliştirme araç ve kütüphaneleri (Biopython) 3,4
12 Görüntüleme araçları (PyMol) 3,4
13 Biyoenformatik ve nano-teknoloji: DNA hesaplama, hibridizasyon yoluyla sekanslama 3,4
14 Son eğilimler/trendler 5


ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

Zvelebil M., Baum J.: Understanding bioinformatics. Garland Science, London, 2007 ISBN 978-0815340249


DİĞER KAYNAKLAR

Jones N.C., Pevzner P.: An introduction to algorithms in bioinformatics. MIT Press, 2004, ISBN 978-0262101066


DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
Katılım - -
Laboratuvar - -
Uygulama - -
Arazi Çalışması - -
Proje 1 30
Ödev - -
Sunum/Jüri 1 10
Derse Özgü Staj - -
Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) - -
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) - -
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar 1 20
Final Sınavı 1 40
Total: 4 100


İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ders Saati42142
Laboratuvar000
Uygulama000
Arazi Çalışması000
Proje90190
Ödev000
Sunum/Jüriye Hazırlık10110
Derse Özgü Staj000
Diğer Uygulamalara Hazırlık000
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler54154
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar122
Final Sınavı122
Toplam İş Yükü (saat):200


PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

# PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8 PY9
OC1 2                
OC2 2                
OC3 3 3              
OC4       2          
OC5     3