DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ
| Dersin Adı |
Kodu |
Yarıyıl |
T+U+L (saat/hafta) |
Türü (Z / S) |
Yerel Kredi |
AKTS |
| Protein Katlaması |
BIO 312 |
Bahar |
03+00+00 |
Zorunlu |
3 |
6 |
| Akademik Birim: |
Biyoinformatik ve Genetik |
| Öğrenim Türü: |
Örgün Eğitim |
| Ön Koşullar |
Yok |
| Öğrenim Dili: |
İngilizce |
| Dersin Düzeyi: |
Lisans |
| Dersin Koordinatörü: |
|
| Dersin Amacı: |
Protein yapısının nasıl oluştuğunu termodinamik kuralları ile açıklamak. Öğrencilere yapı tahmin metotları ile ilgili uygulama yeteneği kazandırmak |
| Dersin İçeriği: |
Protein Yapı Birimleri. Protein katlanmasındaki termodinamik kuvvetler. Protein Katlama Metotları ve Simülasyon teknikleri. Geometri Optimizasyon Teknikleri. Quantum kuvvet alanı . Homoloji Modellemesi. Normal Mode Analizi |
| Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): |
- 1- Gain an understanding of protein structure
- 2- Demonstrate an understanding of enhanced simulation techniques.
- 3- Gain an understanding of thermodynamics of protein folding
- 4- Demonstrate and understanding of incorporation of experimental data into computational protein structure prediction tools.
- 5- Apply thermodynamics laws to biological sciences
- 6- Gain a perspective in homology modeling
- 7- Gain a perspective in dynamics of protein folding problem
- 8- Gain a perspective in dynamics of protein folding problem
|
| Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri |
|
HAFTALIK PROGRAM
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
ÖÇ |
| 1 |
Proteins in a Nutshell |
|
1,3 |
| 2 |
Proteins in a Nutshell |
|
1,3 |
| 3 |
Proteins in a Nutshell |
|
1,4 |
| 4 |
Thermodynamics of Protein Folding |
|
3,5,7 |
| 5 |
Entropy as Statistical Distributions |
|
3,5 |
| 6 |
Experimental Structure Determination Techniques |
|
4 |
| 7 |
Midterm and Review |
|
1-5,7 |
| 8 |
Threading |
|
6,7 |
| 9 |
Homology Modelling |
|
6,7 |
| 10 |
Ab-initio Modeling |
|
6,7 |
| 11 |
Project 1 |
|
5-7 |
| 12 |
Normal Mode Analysis |
|
8 |
| 13 |
Molecular Dynamics |
|
8 |
| 14 |
Final Project |
|
1-8 |
Kadir Has Üniversitesi'nde bir dönem 14 haftadır, 15. ve 16. hafta sınav haftalarıdır.
ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR
| Molecular Driving Forces” Statistical Thermodymanics in Chemistry and Biology by Ken A. Dill and Sarina Bromberg, printed by Garland Science ISBN 0-8153-2051-5 |
DİĞER KAYNAKLAR
Proteins: Structure and Function. David Whitford; Wiley, 1st edition, 2005
Molecular Modelling: Principles and Applications. Andrew Leach; Prentice Hall; 2nd edition, 2001 |
DEĞERLENDİRME SİSTEMİ
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Sayı | Katkı Payı (%) |
| Katılım |
14 |
5 |
| Uygulama |
1 |
5 |
| Proje |
1 |
25 |
| Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar |
1 |
25 |
| Final Sınavı |
1 |
40 |
| Total: |
18 |
100 |
İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|
| Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama | 1 | 24 | 24 |
| Proje | 1 | 24 | 24 |
| Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 2 | 10 | 20 |
| Final Sınavı | 1 | 40 | 40 |
| Toplam İş Yükü (saat): | 150 |
1 AKTS = 25 saatlik iş yükü
PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ
| # |
PY1 |
PY2 |
PY3 |
PY4 |
PY5 |
PY6 |
PY7 |
PY8 |
PY9 |
| OC1 |
|
|
2 |
2 |
|
|
|
|
|
| OC2 |
|
|
|
|
3 |
|
|
|
|
| OC3 |
3 |
|
|
|
3 |
|
|
|
|
| OC4 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| OC5 |
3 |
|
|
|
3 |
|
|
|
|
| OC6 |
|
|
|
|
|
|
2 |
|
|
| OC7 |
|
|
|
|
|
|
2 |
|
|
| OC8 |
|
|
|
|
|
|
2 |
|
|
Katkı Düzeyi: 1 Düşük, 2 Orta, 3 Yüksek
