DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
Bilgisayar Destekli ilaç Tasarımı BIO 510 Bahar 03+00+00 Zorunlu 3 8.0
Akademik Birim:
Öğrenim Türü:
Ön Koşullar Yok
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü: Ebru Demet AKDOĞAN
Dersin Amacı: Protein-ligant docking, ilaç tasarımında docking uygulamaları, skorlama fonksiyonları, ensemble docking teknikleri, sanal tarama, QSAR (Yapı-Aktivite Sayısal İlişkisi) ve farmakofor modelleme konularında bilgilendirmek, ve en popüler iki docking programı AutoDock ve Gold ile en popüler farmakofor modelleme aracı LigandScout ile uygulamalı çalışmalar gerçekleştirmek
Dersin İçeriği: Protein-Ligant Docking?e genel bakış, ilaç tasarımında docking yöntemleri, moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar, skorlama fonksiyonları, yazılım programları: AutoDock and GOLD, ensemble docking, sanal tarama, LigandScout ile farmakofor modelleme.
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
  • 1- Protein-ligant docking algoritmaları hakkında fikir sahibi olmak
  • 2- Skorlama tekniğini kavramak
  • 3- Moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunları bilme ve tartışabilme becerisi
  • 4- Ensemble docking için farklı algoritmaları tanımlayabilme
  • 5- AutoDock, GOLD ve LigandScout programlarını kullanabilme ve her bir aracın dayandığı algoritmayı tanıma.
  • 6- Bir sanal tarama deneyi kurgulayabilme
  • 7- Farmakofor taraması ve QSAR hakkında fikir sahibi olma.
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Projektör/Slaytlar


HAFTALIK PROGRAM

HaftaKonularÖn Hazırlık
1 Protein-Ligant Docking`e genel bakış Ders kitabından ilgili konuyu okuma
2 İlaç tasarımında docking: Algoritmalar, Bölüm I Ders kitabından ilgili konuyu okuma
3 İlaç tasarımında docking: Algoritmalar, Bölüm II Ders kitabından ilgili konuyu okuma
4 İlaç tasarımında docking: Algoritmalar, Bölüm III Ders kitabından ilgili konuyu okuma
5 moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar Ders kitabından ilgili konuyu okuma
6 Ara Sınav I Ders kitabından 1-5 haftalar arası işlenen konuları çalışma
7 AutoDock and GOLD yazılım programlarına giriş Ders kitabından ilgili konuyu okuma
8 AutoDock ve GOLD kullanan örnek çalışmalar AutoDock ve ilgili programların kişsel bilgisayara yüklenmesi
9 Ensemble Docking Ders kitabından ilgili konuyu okuma
10 Sanal Tarama Ders kitabından ilgili konuyu okuma
11 Farmakofor modelleme Ders kitabından ilgili konuyu okuma
12 LigandScout yazılım programına giriş: farmakofor tarama deneyi Ders kitabından ilgili konuyu okuma
13 LigandScout kullanan örnek çalışmalar Ders kitabından ilgili konuyu okuma
14 Ara Sınav II Ders kitabından 7-13 haftalar arası işlenen konuları çalışma


ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

Molecular Modeling. Principles and Applications by A. Leach, 2nd edition, 2001 Pearson Educated Limited, Chap 12.
Molecular Design. Concepts and Applications by G. Schneider and K. H. Baringhaus, 2008 Wiley-VCH
Computational Structural Biology, by Schwede & Peitsch, 2008 World Scientific Publishing. Chapters 17 and 18.
Structure-Based Drug Discovery, by H. Jhoti and A.R. Leach, 2007 Springer, Chapters 8 and 9.
Quantitative Drug Design. A Critical Introduction by Y. C. Martin, 2010 CRC Press
Structure-Based Ligand Design, by K. Gubernator and H.J. Böhm, 1998 Wiley-VCH
Protein-Ligand Interactions. From Molecular Design to Drug Design. by HJ Böhm and G Schneider, 2003 Wiley-VCH
Virtual Screening in Drug Discovery, eds Alvarez and Shoichet, 2005 CRC Press
Virtual Screening: Principles, Challenges, and Practical Guidelines, Vol:48, Edts: Mannhold, Kubinyi and Folkers, 2011 Wiley-VCH


DİĞER KAYNAKLAR

AutoDock Tutorial
GOLD Tutorial
LigandScout Tutorial


DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
Katılım 14 5
Laboratuvar - -
Uygulama 3 -
Arazi Çalışması - -
Proje - -
Ödev 10 10
Sunum/Jüri - -
Derse Özgü Staj - -
Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) 1 5
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) 5 -
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar 2 40
Final Sınavı 1 40
Total: 36 100


İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ders Saati11333
Laboratuvar000
Uygulama3515
Arazi Çalışması000
Proje000
Ödev129108
Sunum/Jüriye Hazırlık000
Derse Özgü Staj000
Diğer Uygulamalara Hazırlık11010
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler5630
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar6636
Final Sınavı11010
Toplam İş Yükü (saat):242


PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

# PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8
OC1 3   3   3     3
OC2 3             3
OC3 3   3 3 3     3
OC4 3   3   3     3
OC5 3 3 3         3
OC6 3 3 3   3   3 3
OC7 3 3 3         3