DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
Hesaplamalı Moleküler Biyoloji ve Genomi BIO 530 Bahar 03+00+00 Zorunlu 3 8.0
Akademik Birim:
Öğrenim Türü:
Ön Koşullar Yoktur
Öğrenim Dili: Türkçe
Dersin Düzeyi: Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü: Tuğba ÖZAL
Dersin Amacı: Öğrencilerin
1. Moleküler Biyolojinin Temel ilkelerini kavraması
2. Genetik kodlamanın esaslarını öğrenmeleri
3. Database ve Softwareler kullanarak Genetik Sekansları analiz etmeleri
4. Genetik bilgiden proteinlerin 3 Boyutlu yapılarını tahmin yöntemlerini öğrenmeleri
5. Evrimsel Proseslerin incelemeleri
Dersin İçeriği: Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters)
First two chapters background in biomedical science
1st chapter The structure of nucleic acids and some of the roles played by them in living systems,
how the genomic DNA is transcribed into mRNA and then
to protein
2nd chapter The structure and organization of proteins
(not adequate just the basics!)
3rd chapter Databases: Many biomedical research workers have large
datasets to analyze, and these need to be stored in a convenient
and practical way. Databases can provide a complete solution
to this problem.
Part 2: Sequence Alignments
Part 3: Evolutionary Processes
Part 4: Genome Characteristics
Part 5: Secondary Structures
Part 6: Tertiary Structures
Part 7: Cells and Organisms
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
  • 1- Moleküler Biyolojinin Temel ilkelerinin kavraması
  • 2- Genetik kodlamanın esaslarını öğrenmeleri
  • 3- Database ve Softwareler kullanarak Genetik Sekansları analiz etmeleri
  • 4- Genetik bilgiden proteinlerin 3 Boyutlu yapılarını tahmin yöntemlerinin öğrenilmesi
  • 5- Evrimsel Proseslerin incelenmesi
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Yoklama, Küçüksınav, ve Ödevler: %10 DönemArası Sınavı I: %25 DönemArası Sınavı II: % 25 Final : % 40


HAFTALIK PROGRAM

HaftaKonularÖn Hazırlık
1 Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters) First two chapters background in biomedical science
2 Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters) First two chapters background in biomedical science
3 Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters) First two chapters background in biomedical science
4 Protein Databases
5 Part 2: Sequence Alignments
6 Part 2: Sequence Alignments (continues)
7 1st Midterm Exam
8 Part 3: Evolutionary Processes
9 Part 4: Genome Characteristics
10 2nd Midterm Exam
11 Part 5: Secondary Structures
12 Part 6: Tertiary Structures
13 Part 7: Cells and Organisms
14 Final Exam


ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

“Understanding Bioinformatics”
by Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum (Garland Science)


DİĞER KAYNAKLAR

• “Understanding Bioinformatics”
by Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum
(Garland Science)
• “Molecular Modelling Principles and Applications”
by Andrew R. Leach 2nd Ed.
• “Handbook of Computational Molecular Biology”
by Srinivas Aluru
(Iowa State University, Chapman&Hall / CRC 2006)
• “Bioinformatics and Functional Genomics”
by Jonathan Pevsner
(Department of Neurology, Kennedy Krieger Institute and Department of Neuroscience and Division of Health Sciences Informatics, The Johns Hopkins School of Medicine Baltimore, Maryland, JohnWiley&Sons Inc.2003)
• Tutorials (softwares)
• Articles, papers
• Databases and Web pages (will be announced during the course)



DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
Katılım 14 4
Laboratuvar - -
Uygulama - -
Arazi Çalışması - -
Proje - -
Ödev 2 6
Sunum/Jüri - -
Derse Özgü Staj - -
Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) - -
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) - -
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar 2 50
Final Sınavı 1 40
Total: 19 100


İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ders Saati14342
Laboratuvar000
Uygulama14342
Arazi Çalışması000
Proje000
Ödev14342
Sunum/Jüriye Hazırlık000
Derse Özgü Staj000
Diğer Uygulamalara Hazırlık12336
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler12336
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar236
Final Sınavı133
Toplam İş Yükü (saat):207


PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

# PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8
OC1 3 3 3 2 3     2
OC2 2 3 2 2 2     2
OC3 3 2 2 2 2     2
OC4 2 2 3 3 1     2
OC5 3 3 2 2 3     2