DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
Moleküler Modelleme ve Grafik BIO 555 Bahar 03+00+00 Seçmeli 3 8.0
Akademik Birim:
Öğrenim Türü:
Ön Koşullar Yoktur
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü: Tuğba ÖZAL
Dersin Amacı: Moleküllerin değişik skalalarda Modellenmesi ve elde edilen verilerin grafik programları ile görüntülenerek analiz edilmesi
Dersin İçeriği: 1. Moleküler Modellemede Temel Kavramlar
2. Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
3. İleri Ab initio metotları, Density Functional Teori ve Katı-Hal Kuantum Mekaniği
4. Ampirik Force Field Modelleri: Moleküler Mekanik
5. Enerji minimizasyonu ve Enerji Yüzeyini Taramada Kullanılan metotlar
6. Bilgisayarlı Simulasyon Metotları
7.Moleküler Dinamik Simulasyon Metotları
8. Monte Carlo Simulasyon Metotları
9. Konformasyonell Analiz
10. Protein Yapı Tahmini, Sekans analizi, ve Protein Katlanması
11. Moleküler Modellemede Dört Zorlayıcı Konu: Free Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Defektleri
12. Moleküler Modelleme ve Kemoinformatiğin Yeni Moleküllerin Keşfi ve Dizaynı için kullanılması
13. Grafik Programlarının görselleştime ve analiz için kullanılması
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
  • 1- Moleküllerin değişik skalalarda Modellenmesi
  • 2- Modelleme Girdi ve çıktılarının grafik programları ile görüntülenmesi
  • 3- Moleküler Modelleme verilerinin grafik programları ve matematiksel yöntemler kullanılarak analiz edilmesi
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri 10 % Attendance and Homeworks 25 % 1st Midterm Exam 25 % 2nd Midterm Exam 40 % Final Exam There will be theoric and Application parts in the exams.


HAFTALIK PROGRAM

HaftaKonularÖn Hazırlık
1 Moleküler Modellemede gerekli kavramlar
2 Moleküler Modelleme için gereken Matematiksel Kurallar
3 Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş
4 Gelişmiş ab initio metodlar, Density Functional Teori ve Katı-Hal Kuantum Mekaniği
5 Ampirik Force Field Modelleri: Moleküler Mekanik
6 1inci Ara Dönem Sınavı
7 Enerji Minimizasyonu ve Enerji Yüzeyini Taranması ile ilgili diğer Metodlar
8 Bilgisayar Simulasyon Metodları
9 Moleküler Dinamik Simulasyon Metodları
10 2inci Ara Dönem Sınavı
11 Moleküler Modelleme Datasının Görselleştirilmesi ve Analizi
12 Grafik Programlarının ileri Kullanımı
13 Monte Carlo
14 Final Sınavı


ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

“Molecular Modelling Principles and Applications” Andrew R. Leach
2inci Baskı


DİĞER KAYNAKLAR

Text book
Softwares
Databases
Tutorials


DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
Katılım 14 5
Laboratuvar - -
Uygulama - -
Arazi Çalışması - -
Proje - -
Ödev 5 5
Sunum/Jüri - -
Derse Özgü Staj - -
Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) - -
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) - -
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar 2 50
Final Sınavı 1 40
Total: 22 100


İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ders Saati14342
Laboratuvar000
Uygulama14570
Arazi Çalışması000
Proje11010
Ödev5420
Sunum/Jüriye Hazırlık000
Derse Özgü Staj000
Diğer Uygulamalara Hazırlık000
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler000
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar236
Final Sınavı133
Toplam İş Yükü (saat):151


PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

# PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8
OC1 3 3 3 2       3
OC2 3 3 3 2       3
OC3 3 3 3 2       3