DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
İleri Biyoinformatik CE 615 Güz 03+00+00 Seçmeli 3 7.5
Akademik Birim: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
Öğrenim Türü: Örgün eğitim
Ön Koşullar Temel biyoloji ve istatistik bilgisi. Programlama becerisi. Veri yapıları ve algoritma bilgisi.
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Doktora
Dersin Koordinatörü: Bahar Delibaş
Dersin Amacı: Bu ders öğrenciye biyolojik veriyi biyoenformatik teknikler kullanarak değerlendirme ve analiz yapma becerisini kazandırır. Genetik ve biyolojik veri tabanları tanımları ile buralardan bilgi çıkarıp, analiz etmek için ilgili araçlar görülür. Proteomiğe bir giriş yapılarak protein tanımlama, moleküler modelleme ve protein yapısını belirlemek için kullanılan metodlar gösterilir. Belirlenen bir biyoenformatik konuyla ilgili bilimsel makaleleri arayıp bulma, anlama ve kritik etme yeteneğinin öğrenciye kazandırılması temel amaçlardandır.
Dersin İçeriği: Biyoenformatiğin teorik temellerini anlamak.
Moleküler biyoloji ve biyoteknoloji veri tabanları üzerinde sorgulama yapmak.
Bilgisayar programları kullanarak DNA ve protein dizilerini manipüle etmek.
Homolog bulma, dizileri analiz etme, evrim ağaçlarını yorumlama ve oluşturma.
Protein dizilerini analiz etme, proteinleri tanımlama, ve protein yapılarını veri bankalarından çekme.
Protein yapılarını görüntüleyip yorumlamak.
Yapı saptanmasını, homoloji modellemesini ve hesaba dayalı ilaç tasarımını anlamak.
Biyolojik veri sorgulaması yapıp, sonuçları yorumlayıp modellemek ve bunu biyolojik problemlerin çözümü için kullanmak.
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
    Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Ders anlatımı, bilimsel makale okumaları ve tartışmaları, biyoenformatik aletleri kullanımı ve programlama ile pratik kazanmak, öğrenci sunumları


    HAFTALIK PROGRAM

    HaftaKonularÖn Hazırlık


    ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

    Zvelebil M., Baum J.: Understanding bioinformatics. Garland Science, London, 2007 ISBN 978-0815340249


    DİĞER KAYNAKLAR

    Jones N.C., Pevzner P.: An introduction to algorithms in bioinformatics. MIT Press, 2004, ISBN 978-0262101066


    DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

    Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
    Katılım - -
    Laboratuvar - -
    Uygulama - -
    Arazi Çalışması - -
    Proje - -
    Ödev - -
    Sunum/Jüri - -
    Derse Özgü Staj - -
    Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) - -
    Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) - -
    Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar - -
    Final Sınavı - -
    Total: 0 0


    İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

    EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
    Toplam İş Yükü (saat):0


    PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

    # PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8 PY9 PY10 PY11 PY12