DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
Biyoinformatik BIO 511 Bahar 03+00+00 Seçmeli 3 8.0
Akademik Birim:
Öğrenim Türü:
Ön Koşullar Yok
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü: Kemal YELEKÇİ
Dersin Amacı: Moleküler biyoloji ve bilgisayar bilimlerinin buluştuğu disiplinlerarası bir bilim dalı olan biyoinformatik hakkında genel bir bakış sunmak, milyonlarca nükleotid ya da amino asitlerden oluşan dizileri sıradan bir kişisel bilgisayarda analiz edebilme ve sonrasında uygulanan analizler sayesinde biyolojik sistemlere ait yapı ve mekanizmanın açığa çıkartılması ile hastalıklara sebep olan mekanizmanın belirlenmesi ve tedavisinin mümkün kılınmasına giden yol haritasını göstermek.
Dersin İçeriği: Biyoinformatiğe genel bakış, Sekans ve literatürdeki her türlü veriye ulaşma yöntemleri, İkili dizi hizalama, BLAST, İleri BLAST teknikleri, Çoklu dizi hizalama, Protein Yapı ve Tahmini, İlaç Tasarımına genel bakış.
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
  • 1- Biyoinformatik bilim dalı hakkında temel bilgi sahibi olma
  • 2- İkili dizi hizalama, BLAST, ileri BLAST teknikleri, ve çoklu dizi hizalama yöntemlerinin dayandığı algoritmaları tanıma
  • 3- İkili dizi hizalama, BLAST, ileri BLAST teknikleri, ve çoklu dizi hizalama yöntemlerini kullanabilme
  • 4- Protein yapısı hakkında temel bilgi sahip olma
  • 5- Protein yapı tahmini yapan yöntemlerin dayandığı algoritmaları tanıma
  • 6- Protein yapı tahmini yapan yöntemlerini kullanabilme
  • 7- Bilgisayar destekli ilaç tasarımı hakkında temel bilgi sahibi olma
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Projektör / Slaytlar


HAFTALIK PROGRAM

HaftaKonularÖn Hazırlık ÖÇ
1 Biyoinformatiğe genel bakış Ders kitabından ilgili konuyu okuma 1
2 Sekans ve literatürdeki her türlü veriye ulaşma yöntemleri Ders kitabından ilgili konuyu okuma 1
3 İkili dizi hizalama Ders kitabından ilgili konuyu okuma 2
4 BLAST, Bölüm I Ders kitabından ilgili konuyu okuma 2
5 BLAST, Bölüm II Ders kitabından ilgili konuyu okuma 2, 3
6 Ara Sınav I Ders kitabından 1-5 haftalar arası işlenen konuları çalışma 2, 3
7 İleri BLAST teknikleri, Bölüm I Ders kitabından ilgili konuyu okuma 1,2,3
8 İleri BLAST teknikleri, Bölüm II Ders kitabından ilgili konuyu okuma 4
9 Çoklu dizi hizalama Ders kitabından ilgili konuyu okuma 4
10 Protein yapı ve tahmini, Bölüm I Ders kitabından ilgili konuyu okuma 5
11 Protein yapı ve tahmini, Bölüm II Ders kitabından ilgili konuyu okuma 5
12 Bilgisayar destekli ilaç tasarımına genel bakış Ders kitabından ilgili konuyu okuma 6
13 Problem çözme, yapılanları gözden geçirme (soru/cevap) Ders kitabından 7-12 haftalar arası işlenen konuları çalışma 1,2,3
14 Ara Sınav II Ders kitabından 7-12 haftalar arası işlenen konuları çalışma 2,3,5


ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

Bioinformatics and Functional Genomics, by J. Pevsner, Wiley-Liss 2009


DİĞER KAYNAKLAR

Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, by D.Mount, 2004
Bioinformatics for Dummies, Claverie JM and Notredame C, 2nd ed, Wiley 2007.
Computational Text Analysis for Functional Genomics and Bioinformatics, RayChaudhuri S, Oxford U Press, 2006
Structural Bioinformatics, Bourne PE and Weissig H, John Wiley & Sons, 2003
Essential Bioinformatics, Xiong J, Cambridge U Press, 2006.
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, by A.D.Baxevanis and B.F.F. Ouellette, Wiley Interscience, 3rd ed., 2004.
Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis, by Borodovsky and Ekisheva, Cambridge University Press 2006.
Bioinformatics: Sequence Alignment and Markov Models, by K.R.Sharma, McGraw Hill 2009.


DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
Katılım 14 5
Laboratuvar - -
Uygulama - -
Arazi Çalışması - -
Proje - -
Ödev 5 25
Sunum/Jüri - -
Derse Özgü Staj - -
Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) - -
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) - -
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar 1 25
Final Sınavı 1 45
Total: 21 100


İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ders Saati14342
Laboratuvar000
Uygulama000
Arazi Çalışması000
Proje000
Ödev51785
Sunum/Jüriye Hazırlık000
Derse Özgü Staj000
Diğer Uygulamalara Hazırlık000
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler000
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar32060
Final Sınavı11313
Toplam İş Yükü (saat):200


PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

# PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8
OC1 1 1 3 3 3 3   1
OC2 1 1 3 3 3 3   1
OC3 1 1 3 3 3 3 1  
OC4 1 1 3 3 3 3 1  
OC5 1 1 3 3 3 3 1  
OC6 1 1 3 3 3 3 1  
OC7 1 1 3 3 3 3 1