DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
Bilgisayar Destekli ilaç Tasarımı BIO 510 Bahar 03+00+00 Seçmeli 3 7.5
Akademik Birim:
Öğrenim Türü: Örgün eğitim
Ön Koşullar Yok
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü: Ebru Demet AKDOĞAN
Dersin Amacı: Protein-ligant docking, ilaç tasarımında docking uygulamaları, skorlama fonksiyonları, ensemble docking teknikleri, sanal tarama, QSAR (Yapı-Aktivite Sayısal İlişkisi) ve farmakofor modelleme konularında bilgilendirmek, ve en popüler iki docking programı AutoDock ve Gold ile en popüler farmakofor modelleme aracı LigandScout ile uygulamalı çalışmalar gerçekleştirmek
Dersin İçeriği: Protein-Ligant Docking?e genel bakış, ilaç tasarımında docking yöntemleri, moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar, skorlama fonksiyonları, yazılım programları: AutoDock and GOLD, ensemble docking, sanal tarama, LigandScout ile farmakofor modelleme.
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
  • 1- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 2- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 3- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 4- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 5- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 6- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 7- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 8- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
  • 9- bu alanın çevirisi henüz girilmemiş.
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Projektör/Slaytlar


HAFTALIK PROGRAM

HaftaKonularÖn Hazırlık ÖÇ
1 1
2 2
3 3
4 4
5 1,2,3,4
6 5
7 5
8 1,2,3,4,5
9 6
10 7
11 7
12 8
13 9
14 6,7,8,9


ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

Molecular Modeling. Principles and Applications by A. Leach, 2nd edition, 2001 Pearson Educated Limited, Chap 12.
Molecular Design. Concepts and Applications by G. Schneider and K. H. Baringhaus, 2008 Wiley-VCH
Computational Structural Biology, by Schwede & Peitsch, 2008 World Scientific Publishing. Chapters 17 and 18.
Structure-Based Drug Discovery, by H. Jhoti and A.R. Leach, 2007 Springer, Chapters 8 and 9.
Quantitative Drug Design. A Critical Introduction by Y. C. Martin, 2010 CRC Press
Structure-Based Ligand Design, by K. Gubernator and H.J. Böhm, 1998 Wiley-VCH
Protein-Ligand Interactions. From Molecular Design to Drug Design. by HJ Böhm and G Schneider, 2003 Wiley-VCH
Virtual Screening in Drug Discovery, eds Alvarez and Shoichet, 2005 CRC Press
Virtual Screening: Principles, Challenges, and Practical Guidelines, Vol:48, Edts: Mannhold, Kubinyi and Folkers, 2011 Wiley-VCH


DİĞER KAYNAKLAR

AutoDock Tutorial
GOLD Tutorial
LigandScout Tutorial


DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
Katılım 10 -
Laboratuvar - -
Uygulama - -
Arazi Çalışması - -
Proje 1 20
Ödev - -
Sunum/Jüri 2 10
Derse Özgü Staj - -
Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) - -
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) 10 -
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar 1 20
Final Sınavı 1 50
Total: 25 100


İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ders Saati14342
Laboratuvar000
Uygulama000
Arazi Çalışması000
Proje12525
Ödev000
Sunum/Jüriye Hazırlık21734
Derse Özgü Staj000
Diğer Uygulamalara Hazırlık000
Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler10440
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar11515
Final Sınavı11919
Toplam İş Yükü (saat):175


PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

# PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8
OC1 1 1 1     1 1 1
OC2 1 1 1     1 1 1
OC3 1 1 1     1 1 1
OC4 1 1 1     1 1 1
OC5 1 1 1     1 1 1
OC6 1 1 1     1 1 1
OC7 1 1 1     1 1 1
OC8 1 1 1     1 1 1
OC9 1 1 1     1 1 1