DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U+L (saat/hafta) | Türü (Z / S) | Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Bilgisayar Destekli ilaç Tasarımı | BIO 510 | Bahar | 03+00+00 | Zorunlu | 3 | 7.5 |
| Akademik Birim: | |
| Öğrenim Türü: | Örgün eğitim |
| Ön Koşullar | Yok |
| Öğrenim Dili: | İngilizce |
| Dersin Düzeyi: | Yüksek Lisans |
| Dersin Koordinatörü: | Ebru Demet AKDOĞAN |
| Dersin Amacı: | Protein-ligant docking, ilaç tasarımında docking uygulamaları, skorlama fonksiyonları, ensemble docking teknikleri, sanal tarama, QSAR (Yapı-Aktivite Sayısal İlişkisi) ve farmakofor modelleme konularında bilgilendirmek, ve en popüler iki docking programı AutoDock ve Gold ile en popüler farmakofor modelleme aracı LigandScout ile uygulamalı çalışmalar gerçekleştirmek |
| Dersin İçeriği: | Protein-Ligant Docking?e genel bakış, ilaç tasarımında docking yöntemleri, moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar, skorlama fonksiyonları, yazılım programları: AutoDock and GOLD, ensemble docking, sanal tarama, LigandScout ile farmakofor modelleme. |
| Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): | |
| Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri | Projektör/Slaytlar |
HAFTALIK PROGRAM
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık | ÖÇ |
|---|---|---|---|
| 1 | 1 | ||
| 2 | 2 | ||
| 3 | 3 | ||
| 4 | 4 | ||
| 5 | 1,2,3,4 | ||
| 6 | 5 | ||
| 7 | 5 | ||
| 8 | 1,2,3,4,5 | ||
| 9 | 6 | ||
| 10 | 7 | ||
| 11 | 7 | ||
| 12 | 8 | ||
| 13 | 9 | ||
| 14 | 6,7,8,9 |
Kadir Has Üniversitesi'nde bir dönem 14 haftadır, 15. ve 16. hafta sınav haftalarıdır.
ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR
| Molecular Modeling. Principles and Applications by A. Leach, 2nd edition, 2001 Pearson Educated Limited, Chap 12. Molecular Design. Concepts and Applications by G. Schneider and K. H. Baringhaus, 2008 Wiley-VCH Computational Structural Biology, by Schwede & Peitsch, 2008 World Scientific Publishing. Chapters 17 and 18. Structure-Based Drug Discovery, by H. Jhoti and A.R. Leach, 2007 Springer, Chapters 8 and 9. Quantitative Drug Design. A Critical Introduction by Y. C. Martin, 2010 CRC Press Structure-Based Ligand Design, by K. Gubernator and H.J. Böhm, 1998 Wiley-VCH Protein-Ligand Interactions. From Molecular Design to Drug Design. by HJ Böhm and G Schneider, 2003 Wiley-VCH Virtual Screening in Drug Discovery, eds Alvarez and Shoichet, 2005 CRC Press Virtual Screening: Principles, Challenges, and Practical Guidelines, Vol:48, Edts: Mannhold, Kubinyi and Folkers, 2011 Wiley-VCH |
DİĞER KAYNAKLAR
| AutoDock Tutorial GOLD Tutorial LigandScout Tutorial |
DEĞERLENDİRME SİSTEMİ
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Sayı | Katkı Payı (%) |
|---|---|---|
| Katılım | 10 | - |
| Proje | 1 | 20 |
| Sunum/Jüri | 2 | 10 |
| Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) | 10 | - |
| Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 1 | 20 |
| Final Sınavı | 1 | 50 |
| Total: | 25 | 100 |
İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
| Proje | 1 | 25 | 25 |
| Sunum/Jüriye Hazırlık | 2 | 17 | 34 |
| Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler | 10 | 4 | 40 |
| Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 1 | 15 | 15 |
| Final Sınavı | 1 | 19 | 19 |
| Toplam İş Yükü (saat): | 175 | ||
1 AKTS = 25 saatlik iş yükü
PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ
| # | PY1 | PY2 | PY3 | PY4 | PY5 | PY6 | PY7 | PY8 |
Katkı Düzeyi: 1 Düşük, 2 Orta, 3 Yüksek