DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
Biyoenformatik Algoritmaları CE 508 Güz 03+00+00 Seçmeli 3 7.5
Akademik Birim: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
Öğrenim Türü: Örgün eğitim
Ön Koşullar Programlama becerisi, Lisans düzeyinde algoritma bilgisi, Veri yapıları ve yazılım kütüphanesi kullanımı tecrübesi
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Yüksek Lisans
Dersin Koordinatörü: Bahar Delibaş
Dersin Amacı: Öğrencilerin,
(1) Biyolojik problemleri bilgisayar bilimi problemi olarak modelleme kabiliyeti
(2) Biyolojik problemlere uygulanabilir hesapsal yöntem ve algoritmalar hakkında bilgi
(3) Benzer problemlere yeni algoritma tasarımı ve gerçekleştirimi becerileri
(4) Hesapsal biyoloji ve biyoenformatik araçları hakkında tecrübe
edinmesini sağlamaktır.
Dersin İçeriği: Bir organizmayı oluşturan protein, gen ve DNA koleksiyonlarının analizi için bilgisayar bilimi yöntem araç ve algoritmalarının kullanımına bir giriş. DNA sekanslarının birleştirilmesi için gerekli çizge veri yapıları ve algoritmaları. Biyolojik dizi verileri ve hizalama problemlerine uygulanan veri yapıları ve dizi eşleştirme algoritmalarına genel bakış. Kavramların örnek dizi veritabanlarında tartışması. Kümeleme algoritmalarının mikrodizi verilerine ve gen ifade analizine, ve filojeniye uygulanması.
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
    Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Ders anlatımları, Katılımlı problem çözme, Kodlama projesi, Öğrenci sunumları


    HAFTALIK PROGRAM

    HaftaKonularÖn Hazırlık


    ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

    An IntroductIon to BIoInformatIcs AlgorIthms, N. Jones, P. Pevzner, MIT Press, 2004


    DİĞER KAYNAKLAR

    - Bioinformatics and Functional Genomics, J. Pevsner, 2nd edition, Wiley-Blackwell, 2009.
    - Algorithms on Strings, Trees, and Sequences-Computer Science and Computational Biology, D. Gusfield, Cambridge U. Press, 1997.


    DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

    Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
    Katılım - -
    Laboratuvar - -
    Uygulama - -
    Arazi Çalışması - -
    Proje - -
    Ödev - -
    Sunum/Jüri - -
    Derse Özgü Staj - -
    Diğer Uygulamalar (seminer, stüdyo kritiği, workshop vb.) - -
    Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler (okuma, bireysel çalışma vb.) - -
    Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar - -
    Final Sınavı - -
    Total: 0 0


    İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

    EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
    Toplam İş Yükü (saat):0


    PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

    # PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8 PY9