DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U+L (saat/hafta) | Türü (Z / S) | Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Biyoenformatik Algoritmaları | CE 508 | Güz | 03+00+00 | Seçmeli | 3 | 7.5 |
| Akademik Birim: | Bilgisayar Mühendisliği Bölümü |
| Öğrenim Türü: | Örgün eğitim |
| Ön Koşullar | Programlama becerisi, Lisans düzeyinde algoritma bilgisi, Veri yapıları ve yazılım kütüphanesi kullanımı tecrübesi |
| Öğrenim Dili: | İngilizce |
| Dersin Düzeyi: | Yüksek Lisans |
| Dersin Koordinatörü: | Bahar Delibaş |
| Dersin Amacı: | Öğrencilerin, (1) Biyolojik problemleri bilgisayar bilimi problemi olarak modelleme kabiliyeti (2) Biyolojik problemlere uygulanabilir hesapsal yöntem ve algoritmalar hakkında bilgi (3) Benzer problemlere yeni algoritma tasarımı ve gerçekleştirimi becerileri (4) Hesapsal biyoloji ve biyoenformatik araçları hakkında tecrübe edinmesini sağlamaktır. |
| Dersin İçeriği: | Bir organizmayı oluşturan protein, gen ve DNA koleksiyonlarının analizi için bilgisayar bilimi yöntem araç ve algoritmalarının kullanımına bir giriş. DNA sekanslarının birleştirilmesi için gerekli çizge veri yapıları ve algoritmaları. Biyolojik dizi verileri ve hizalama problemlerine uygulanan veri yapıları ve dizi eşleştirme algoritmalarına genel bakış. Kavramların örnek dizi veritabanlarında tartışması. Kümeleme algoritmalarının mikrodizi verilerine ve gen ifade analizine, ve filojeniye uygulanması. |
| Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): | |
| Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri | Ders anlatımları, Katılımlı problem çözme, Kodlama projesi, Öğrenci sunumları |
HAFTALIK PROGRAM
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
Kadir Has Üniversitesi'nde bir dönem 14 haftadır, 15. ve 16. hafta sınav haftalarıdır.
ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR
| An IntroductIon to BIoInformatIcs AlgorIthms, N. Jones, P. Pevzner, MIT Press, 2004 |
DİĞER KAYNAKLAR
| - Bioinformatics and Functional Genomics, J. Pevsner, 2nd edition, Wiley-Blackwell, 2009. - Algorithms on Strings, Trees, and Sequences-Computer Science and Computational Biology, D. Gusfield, Cambridge U. Press, 1997. |
DEĞERLENDİRME SİSTEMİ
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Sayı | Katkı Payı (%) |
|---|---|---|
| Total: | 0 | 0 |
İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Toplam İş Yükü (saat): | 0 | ||
1 AKTS = 25 saatlik iş yükü
PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ
| # | PY1 | PY2 | PY3 | PY4 | PY5 | PY6 | PY7 | PY8 |
Katkı Düzeyi: 1 Düşük, 2 Orta, 3 Yüksek