DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U+L (saat/hafta) | Türü (Z / S) | Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| İleri Biyoinformatik | CE 615 | Güz | 03+00+00 | Seçmeli | 3 | 7.5 |
| Akademik Birim: | Bilgisayar Mühendisliği Bölümü |
| Öğrenim Türü: | Örgün eğitim |
| Ön Koşullar | Temel biyoloji ve istatistik bilgisi. Programlama becerisi. Veri yapıları ve algoritma bilgisi. |
| Öğrenim Dili: | İngilizce |
| Dersin Düzeyi: | Doktora |
| Dersin Koordinatörü: | Bahar Delibaş |
| Dersin Amacı: | Bu ders öğrenciye biyolojik veriyi biyoenformatik teknikler kullanarak değerlendirme ve analiz yapma becerisini kazandırır. Genetik ve biyolojik veri tabanları tanımları ile buralardan bilgi çıkarıp, analiz etmek için ilgili araçlar görülür. Proteomiğe bir giriş yapılarak protein tanımlama, moleküler modelleme ve protein yapısını belirlemek için kullanılan metodlar gösterilir. Belirlenen bir biyoenformatik konuyla ilgili bilimsel makaleleri arayıp bulma, anlama ve kritik etme yeteneğinin öğrenciye kazandırılması temel amaçlardandır. |
| Dersin İçeriği: | Biyoenformatiğin teorik temellerini anlamak. Moleküler biyoloji ve biyoteknoloji veri tabanları üzerinde sorgulama yapmak. Bilgisayar programları kullanarak DNA ve protein dizilerini manipüle etmek. Homolog bulma, dizileri analiz etme, evrim ağaçlarını yorumlama ve oluşturma. Protein dizilerini analiz etme, proteinleri tanımlama, ve protein yapılarını veri bankalarından çekme. Protein yapılarını görüntüleyip yorumlamak. Yapı saptanmasını, homoloji modellemesini ve hesaba dayalı ilaç tasarımını anlamak. Biyolojik veri sorgulaması yapıp, sonuçları yorumlayıp modellemek ve bunu biyolojik problemlerin çözümü için kullanmak. |
| Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): | |
| Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri | Ders anlatımı, bilimsel makale okumaları ve tartışmaları, biyoenformatik aletleri kullanımı ve programlama ile pratik kazanmak, öğrenci sunumları |
HAFTALIK PROGRAM
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|
Kadir Has Üniversitesi'nde bir dönem 14 haftadır, 15. ve 16. hafta sınav haftalarıdır.
ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR
| Zvelebil M., Baum J.: Understanding bioinformatics. Garland Science, London, 2007 ISBN 978-0815340249 |
DİĞER KAYNAKLAR
| Jones N.C., Pevzner P.: An introduction to algorithms in bioinformatics. MIT Press, 2004, ISBN 978-0262101066 |
DEĞERLENDİRME SİSTEMİ
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Sayı | Katkı Payı (%) |
|---|---|---|
| Total: | 0 | 0 |
İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Toplam İş Yükü (saat): | 0 | ||
1 AKTS = 25 saatlik iş yükü
PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ
| # | PY1 | PY2 | PY3 | PY4 | PY5 | PY6 | PY7 | PY8 | PY9 | PY10 | PY11 | PY12 |
Katkı Düzeyi: 1 Düşük, 2 Orta, 3 Yüksek