| Akademik Birim: |
Moleküler Biyoloji ve Genetik |
| Öğrenim Türü: |
Örgün Eğitim |
| Ön Koşullar |
Yok |
| Öğrenim Dili: |
İngilizce |
| Dersin Düzeyi: |
Lisans |
| Dersin Koordinatörü: |
- - |
| Dersin Amacı: |
Bu dersin amacı potansiyel enerji yüzeyleri, Moleküler Mekanik modelleri, enerji minimizasyonu, periyodik sınır koşulları ve konformasyonel analiz gibi moleküler modelleme ve simülasyonun en temel kavramlarını aktarırken, Moleküler Dinamik ve Monte Carlo gibi en önemli iki simülasyon tekniğini öğretmektir. |
| Dersin İçeriği: |
İlk derste, biyolojik moleküllerin yapı ve modellemesi için şimdiye kadar yapılmış araştırmaların bir özeti sunulacaktır. Ardından, moleküler mekanik modelinin temel yapısı gösterilecektir. Bunu takiben, enerji minimizasyon ve konformasyonel analiz yöntemleri hakkında ayrıntılı bilgi verilecek, Moleküler Dinamik ve Monte Carlo simülasyon teknikleri tanıtılacaktır. |
| Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): |
- 1- Biyolojik moleküllerin yapı ve modellemesi hakkında temel bilgi
- 2- Moleküler Mekanik hakkında bilgi sahibi olmak
- 3- Enerji minimizasyon hakkında bilgi sahibi olmak
- 4- Bilgisayarda simülasyon yöntemlerini uygulayabilmek
- 5- Moleküler Dinamik simülasyonu yapabilmek
- 6- Monte Carlo simülasyonu yapabilmek
- 7- Konformasyonel analiz hakkında bilgi sahibi olmak
|
| Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri |
İki ara sınav, bir final ve bir dönem projesi |
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
| 1 |
Biyolojik moleküllerin yapı ve modellemesi: Tarihsel Bakış |
İlgili konunun okunması |
| 2 |
Proje hakkında bilgilendirme |
Proje ile ilgili klavuzların okunması, yazılım programlarının yüklenmesi |
| 3 |
Moleküler Mekanik |
İlgili konunun okunması |
| 4 |
Enerji minimizasyon |
İlgili konunun okunması |
| 5 |
Bilgisayarda simülasyon yöntemleri |
İlgili konunun okunması |
| 6 |
Proje hakkında bilgilendirme |
Proje üstünde çalışma |
| 7 |
Moleküler Dinamik simülasyonu |
İlgili konunun okunması |
| 8 |
Ara Sınav 1 |
İlk 7 hafta boyunca anlatılan konuların tekrarı |
| 9 |
Moleküler Dinamik simülasyonu |
İlgili konunun okunması |
| 10 |
Proje hakkında bilgilendirme |
Proje üstünde çalışma |
| 11 |
Monte Carlo simülasyonu |
İlgili konunun okunması |
| 12 |
Konformasyonel analiz |
İlgili konunun okunması |
| 13 |
Proje hakkında bilgilendirme |
Proje üstünde çalışma |
| 14 |
Ara Sınav 2 |
Son 5 hafta boyunca anlatılan konuların tekrarı |
Kadir Has Üniversitesi'nde bir dönem 14 haftadır, 15. ve 16. hafta sınav haftalarıdır.
PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ
| # |
PY1 |
PY2 |
PY3 |
PY4 |
PY5 |
PY6 |
PY7 |
PY8 |
PY9 |
| OC1 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| OC2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| OC3 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| OC4 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| OC5 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| OC6 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| OC7 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Katkı Düzeyi: 1 Düşük, 2 Orta, 3 Yüksek
