Dersin Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U+L (saat/hafta) | Türü (Z / S) | Yerel Kredi | AKTS |
---|---|---|---|---|---|---|
Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı | MBG 432 | Bahar | 03+00+00 | Seçmeli | 3 | 5 |
Akademik Birim: | Moleküler Biyoloji ve Genetik |
Öğrenim Türü: | Örgün Eğitim |
Ön Koşullar | Yok |
Öğrenim Dili: | İngilizce |
Dersin Düzeyi: | Lisans |
Dersin Koordinatörü: | - - |
Dersin Amacı: | Protein-ligant doking, ilaç tasarımında docking uygulamaları, skorlama fonksiyonları, ensemble docking teknikleri, sanal tarama, QSAR (Yapı-Aktivite Sayısal İlişkisi) ve farmakofor modelleme konularında bilgilendirmek, ve en popüler iki docking programı AutoDock ve Gold ile en popüler farmakofor modelleme aracı LigandScout ile uygulamalı çalışmalar gerçekleştirmek. |
Dersin İçeriği: | Protein-Ligant Docking’e genel bakış, ilaç tasarımında docking yöntemleri, moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar, skorlama fonksiyonları, yazılım programları: AutoDock and GOLD, ensemble docking, sanal tarama, LigandScout ile farmakofor modelleme. |
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): |
|
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri | Bir ara sınav, bir final, projeler ve sunumlar |
Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
---|---|---|
1 | Protein-Ligant Docking’e genel bakış | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
2 | İlaç tasarımında docking: Algoritmalar, Bölüm I | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
3 | Moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
4 | Skorlama Fonksiyonları | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
5 | Sunum #1 | İlgili projenin sunumu |
6 | AutoDock and GOLD yazılım programlarına giriş | AutoDock ve ilgili programların kişsel bilgisayara yüklenmesi |
7 | AutoDock ve GOLD kullanan örnek çalışmalar | AutoDock ve ilgili programların kullanım klavuzları |
8 | Ara Sınav | Ders kitabından 1-5 haftalar arası işlenen konuları çalışma |
9 | Ensemble Docking | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
10 | Sanal Tarama | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
11 | Sanal Tarama | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
12 | QSAR çalışmaları | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
13 | LigandScout kullanan örnek çalışmalar | Ders kitabından ilgili konuyu okuma |
14 | Sunum #2 | İlgili projenin sunumu |
Protein-Ligand Interactions. From Molecular Design to Drug Design. by H.J. Böhm and G. Schneider, 2003 Wiley-VCH Molecular Design. Concepts and Applications by G. Schneider and K. H. Baringhaus, 2008 Wiley-VCH |
Computational Structural Biology, by Schwede & Peitsch, 2008 World Scientific Publishing. Chapters 17 and 18. Structure-Based Drug Discovery, by H. Jhoti and A.R. Leach, 2007 Springer, Chapters 8 and 9. Quantitative Drug Design. A Critical Introduction by Y. C. Martin, 2010 CRC Press Structure-Based Ligand Design, by K. Gubernator and H.J. Böhm, 1998 Wiley-VCH Virtual Screening in Drug Discovery, eds Alvarez and Shoichet, 2005 CRC Press Molecular Modeling. Principles and Applications by A. Leach, 2nd edition, 2001 Pearson Educated Limited |
Yarıyıl İçi Çalışmaları | Sayı | Katkı Payı (%) |
---|---|---|
Katılım | 14 | 2 |
Proje | 1 | 10 |
Ödev | 8 | 18 |
Sunum/Jüri | 1 | 5 |
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 2 | 25 |
Final Sınavı | 1 | 40 |
Total: | 27 | 100 |
Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
---|---|---|---|
Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
Proje | 1 | 15 | 15 |
Ödev | 8 | 2 | 16 |
Sunum/Jüriye Hazırlık | 1 | 7 | 7 |
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 2 | 15 | 30 |
Final Sınavı | 1 | 15 | 15 |
Toplam İş Yükü (saat): | 125 |