DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ

Dersin Adı Kodu Yarıyıl T+U+L (saat/hafta) Türü (Z / S) Yerel Kredi AKTS
Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı MBG 432 Bahar 03+00+00 Seçmeli 3 5
Akademik Birim: Moleküler Biyoloji ve Genetik
Öğrenim Türü: Örgün Eğitim
Ön Koşullar Yok
Öğrenim Dili: İngilizce
Dersin Düzeyi: Lisans
Dersin Koordinatörü: - -
Dersin Amacı: Protein-ligant doking, ilaç tasarımında docking uygulamaları, skorlama fonksiyonları, ensemble docking teknikleri, sanal tarama, QSAR (Yapı-Aktivite Sayısal İlişkisi) ve farmakofor modelleme konularında bilgilendirmek, ve en popüler iki docking programı AutoDock ve Gold ile en popüler farmakofor modelleme aracı LigandScout ile uygulamalı çalışmalar gerçekleştirmek.
Dersin İçeriği: Protein-Ligant Docking’e genel bakış, ilaç tasarımında docking yöntemleri, moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar, skorlama fonksiyonları, yazılım programları: AutoDock and GOLD, ensemble docking, sanal tarama, LigandScout ile farmakofor modelleme.
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ):
  • 1- Protein-ligant docking algoritmaları hakkında fikir sahibi olmak
  • 2- İlaç geliştirme için doking uygulamaları yapabilmek
  • 3- Moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunları bilme ve tartışabilme becerisi
  • 4- Skorlama tekniğini kavramak
  • 5- AutoDock, GOLD ve GLIDE gibi doking yazılımlarını kullanabilmek
  • 6- Ensemble docking için farklı algoritmaları tanımlayabilme
  • 7- Bir sanal tarama deneyi kurgulayabilme
  • 8- QSAR hakkında fikir sahibi olma
  • 9- LigandScout programı ile farmakofor taraması ve modellemesi yapabilme
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri Bir ara sınav, bir final, projeler ve sunumlar


HAFTALIK PROGRAM

HaftaKonularÖn Hazırlık
1 Protein-Ligant Docking’e genel bakış Ders kitabından ilgili konuyu okuma
2 İlaç tasarımında docking: Algoritmalar, Bölüm I Ders kitabından ilgili konuyu okuma
3 Moleküler docking için çözülmeyi bekleyen sorunlar Ders kitabından ilgili konuyu okuma
4 Skorlama Fonksiyonları Ders kitabından ilgili konuyu okuma
5 Sunum #1 İlgili projenin sunumu
6 AutoDock and GOLD yazılım programlarına giriş AutoDock ve ilgili programların kişsel bilgisayara yüklenmesi
7 AutoDock ve GOLD kullanan örnek çalışmalar AutoDock ve ilgili programların kullanım klavuzları
8 Ara Sınav Ders kitabından 1-5 haftalar arası işlenen konuları çalışma
9 Ensemble Docking Ders kitabından ilgili konuyu okuma
10 Sanal Tarama Ders kitabından ilgili konuyu okuma
11 Sanal Tarama Ders kitabından ilgili konuyu okuma
12 QSAR çalışmaları Ders kitabından ilgili konuyu okuma
13 LigandScout kullanan örnek çalışmalar Ders kitabından ilgili konuyu okuma
14 Sunum #2 İlgili projenin sunumu


ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR

Protein-Ligand Interactions. From Molecular Design to Drug Design. by H.J. Böhm and G. Schneider, 2003 Wiley-VCH
Molecular Design. Concepts and Applications by G. Schneider and K. H. Baringhaus, 2008 Wiley-VCH


DİĞER KAYNAKLAR

Computational Structural Biology, by Schwede & Peitsch, 2008 World Scientific Publishing. Chapters 17 and 18.
Structure-Based Drug Discovery, by H. Jhoti and A.R. Leach, 2007 Springer, Chapters 8 and 9.
Quantitative Drug Design. A Critical Introduction by Y. C. Martin, 2010 CRC Press
Structure-Based Ligand Design, by K. Gubernator and H.J. Böhm, 1998 Wiley-VCH
Virtual Screening in Drug Discovery, eds Alvarez and Shoichet, 2005 CRC Press
Molecular Modeling. Principles and Applications by A. Leach, 2nd edition, 2001 Pearson Educated Limited


DEĞERLENDİRME SİSTEMİ

Yarıyıl İçi ÇalışmalarıSayıKatkı Payı (%)
Katılım 14 2
Proje 1 10
Ödev 8 18
Sunum/Jüri 1 5
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar 2 25
Final Sınavı 1 40
Total: 27 100


İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI

EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Ders Saati14342
Proje11515
Ödev8216
Sunum/Jüriye Hazırlık177
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar21530
Final Sınavı11515
Toplam İş Yükü (saat):125


PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ

# PY1 PY2 PY3 PY4 PY5 PY6 PY7 PY8 PY9
OC1 3 3 3 3          
OC2 3 3 3 3          
OC3 3 3 3 3          
OC4 3 3 3 3          
OC5 3 3 3 3          
OC6 3 3 3 3          
OC7 3 3 3 3          
OC8 3 3 3 3          
OC9 3 3 3 3