DERS TANITIM ve UYGULAMA BİLGİLERİ
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U+L (saat/hafta) | Türü (Z / S) | Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Hesaplamalı Moleküler Biyoloji ve Genomiks | BIO 530 | Bahar | 03+00+00 | Zorunlu | 3 | 8 |
| Akademik Birim: | |
| Öğrenim Türü: | Örgün eğitim |
| Ön Koşullar | Yoktur |
| Öğrenim Dili: | İngilizce |
| Dersin Düzeyi: | Yüksek Lisans |
| Dersin Koordinatörü: | Tuğba ÖZAL |
| Dersin Amacı: | Öğrencilerin 1. Moleküler Biyolojinin Temel ilkelerini kavraması 2. Genetik kodlamanın esaslarını öğrenmeleri 3. Database ve Softwareler kullanarak Genetik Sekansları analiz etmeleri 4. Genetik bilgiden proteinlerin 3 Boyutlu yapılarını tahmin yöntemlerini öğrenmeleri 5. Evrimsel Proseslerin incelemeleri |
| Dersin İçeriği: | Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters) First two chapters background in biomedical science 1st chapter The structure of nucleic acids and some of the roles played by them in living systems, how the genomic DNA is transcribed into mRNA and then to protein 2nd chapter The structure and organization of proteins (not adequate just the basics!) 3rd chapter Databases: Many biomedical research workers have large datasets to analyze, and these need to be stored in a convenient and practical way. Databases can provide a complete solution to this problem. Part 2: Sequence Alignments Part 3: Evolutionary Processes Part 4: Genome Characteristics Part 5: Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures Part 7: Cells and Organisms |
| Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): |
|
| Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri | Yoklama, Küçüksınav, ve Ödevler: %10 DönemArası Sınavı I: %25 DönemArası Sınavı II: % 25 Final : % 40 |
HAFTALIK PROGRAM
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters) First two chapters background in biomedical science | |
| 2 | Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters) First two chapters background in biomedical science | |
| 3 | Part 1: Background Basics ( First 3 Chapters) First two chapters background in biomedical science | |
| 4 | Protein Databases | |
| 5 | Part 2: Sequence Alignments | |
| 6 | Part 2: Sequence Alignments (continues) | |
| 7 | 1st Midterm Exam | |
| 8 | Part 3: Evolutionary Processes | |
| 9 | Part 4: Genome Characteristics | |
| 10 | 2nd Midterm Exam | |
| 11 | Part 5: Secondary Structures | |
| 12 | Part 6: Tertiary Structures | |
| 13 | Part 7: Cells and Organisms | |
| 14 | Final Exam |
Kadir Has Üniversitesi'nde bir dönem 14 haftadır, 15. ve 16. hafta sınav haftalarıdır.
ZORUNLU ve ÖNERİLEN OKUMALAR
| “Understanding Bioinformatics” by Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum (Garland Science) |
DİĞER KAYNAKLAR
| • “Understanding Bioinformatics” by Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum (Garland Science) • “Molecular Modelling Principles and Applications” by Andrew R. Leach 2nd Ed. • “Handbook of Computational Molecular Biology” by Srinivas Aluru (Iowa State University, Chapman&Hall / CRC 2006) • “Bioinformatics and Functional Genomics” by Jonathan Pevsner (Department of Neurology, Kennedy Krieger Institute and Department of Neuroscience and Division of Health Sciences Informatics, The Johns Hopkins School of Medicine Baltimore, Maryland, JohnWiley&Sons Inc.2003) • Tutorials (softwares) • Articles, papers • Databases and Web pages (will be announced during the course) |
DEĞERLENDİRME SİSTEMİ
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Sayı | Katkı Payı (%) |
|---|---|---|
| Katılım | 14 | 4 |
| Ödev | 2 | 6 |
| Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 2 | 50 |
| Final Sınavı | 1 | 40 |
| Total: | 19 | 100 |
İŞ YÜKÜ HESAPLAMASI
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama | 14 | 3 | 42 |
| Ödev | 14 | 3 | 42 |
| Diğer Uygulamalara Hazırlık | 12 | 3 | 36 |
| Dersle İlgili Sınıf Dışı Etkinlikler | 12 | 3 | 36 |
| Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 2 | 3 | 6 |
| Final Sınavı | 1 | 3 | 3 |
| Toplam İş Yükü (saat): | 207 | ||
1 AKTS = 25 saatlik iş yükü
PROGRAM YETERLİLİKLERİ (PY) ve ÖĞRENME ÇIKTILARI (ÖÇ) İLİŞKİSİ
| # | PY1 | PY2 | PY3 | PY4 | PY5 | PY6 | PY7 | PY8 |
| OC1 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | 2 | ||
| OC2 | 2 | 3 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||
| OC3 | 3 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||
| OC4 | 2 | 2 | 3 | 3 | 1 | 2 | ||
| OC5 | 3 | 3 | 2 | 2 | 3 | 2 |
Katkı Düzeyi: 1 Düşük, 2 Orta, 3 Yüksek