Dersin Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U+L (saat/hafta) | Türü (Z / S) | Yerel Kredi | AKTS |
---|---|---|---|---|---|---|
Moleküler Modelleme ve Grafik | BIO 555 | Bahar | 03+00+00 | Zorunlu | 3 | 8 |
Akademik Birim: | |
Öğrenim Türü: | Örgün eğitim |
Ön Koşullar | Yoktur |
Öğrenim Dili: | İngilizce |
Dersin Düzeyi: | Yüksek Lisans |
Dersin Koordinatörü: | Tuğba ÖZAL |
Dersin Amacı: | Moleküllerin değişik skalalarda Modellenmesi ve elde edilen verilerin grafik programları ile görüntülenerek analiz edilmesi |
Dersin İçeriği: | 1. Moleküler Modellemede Temel Kavramlar 2. Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş 3. İleri Ab initio metotları, Density Functional Teori ve Katı-Hal Kuantum Mekaniği 4. Ampirik Force Field Modelleri: Moleküler Mekanik 5. Enerji minimizasyonu ve Enerji Yüzeyini Taramada Kullanılan metotlar 6. Bilgisayarlı Simulasyon Metotları 7.Moleküler Dinamik Simulasyon Metotları 8. Monte Carlo Simulasyon Metotları 9. Konformasyonell Analiz 10. Protein Yapı Tahmini, Sekans analizi, ve Protein Katlanması 11. Moleküler Modellemede Dört Zorlayıcı Konu: Free Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Defektleri 12. Moleküler Modelleme ve Kemoinformatiğin Yeni Moleküllerin Keşfi ve Dizaynı için kullanılması 13. Grafik Programlarının görselleştime ve analiz için kullanılması |
Dersin Öğrenme Çıktıları (ÖÇ): |
|
Dersin Öğrenme Yöntem ve Teknikleri | 10 % Attendance and Homeworks 25 % 1st Midterm Exam 25 % 2nd Midterm Exam 40 % Final Exam There will be theoric and Application parts in the exams. |
Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
---|---|---|
1 | Moleküler Modellemede gerekli kavramlar | |
2 | Moleküler Modelleme için gereken Matematiksel Kurallar | |
3 | Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş | |
4 | Gelişmiş ab initio metodlar, Density Functional Teori ve Katı-Hal Kuantum Mekaniği | |
5 | Ampirik Force Field Modelleri: Moleküler Mekanik | |
6 | 1inci Ara Dönem Sınavı | |
7 | Enerji Minimizasyonu ve Enerji Yüzeyini Taranması ile ilgili diğer Metodlar | |
8 | Bilgisayar Simulasyon Metodları | |
9 | Moleküler Dinamik Simulasyon Metodları | |
10 | 2inci Ara Dönem Sınavı | |
11 | Moleküler Modelleme Datasının Görselleştirilmesi ve Analizi | |
12 | Grafik Programlarının ileri Kullanımı | |
13 | Monte Carlo | |
14 | Final Sınavı |
“Molecular Modelling Principles and Applications” Andrew R. Leach 2inci Baskı |
Text book Softwares Databases Tutorials |
Yarıyıl İçi Çalışmaları | Sayı | Katkı Payı (%) |
---|---|---|
Katılım | 14 | 5 |
Ödev | 5 | 5 |
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 2 | 50 |
Final Sınavı | 1 | 40 |
Total: | 22 | 100 |
Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
---|---|---|---|
Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
Uygulama | 14 | 5 | 70 |
Proje | 1 | 10 | 10 |
Ödev | 5 | 4 | 20 |
Ara Sınavlar/Sözlü Sınavlar/Kısa Sınavlar | 2 | 3 | 6 |
Final Sınavı | 1 | 3 | 3 |
Toplam İş Yükü (saat): | 151 |
# | PY1 | PY2 | PY3 | PY4 | PY5 | PY6 | PY7 | PY8 |
OC1 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | |||
OC2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | |||
OC3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 3 |